In der Bundesrepublik Deutschland arbeitet die IOM mit Ministerien und Behörden wie dem BMI, dem BMZ, dem Auswärtigen Amt, dem BAMF, entsprechenden Länderministerien sowie mit zivilgesellschaftlichen Organisationen, Wohlfahrtsverbänden und Diasporaverbänden zusammen.

Arbeitsbereiche umfassen unter anderem Rückkehr und Reintegration, Resettlement und humanitäre Aufnahmen, Familienzusammenführung, Krisenreaktion, Ressourcenmobilisierung und psychosoziale Unterstützung.

Das Berliner Büro ist zudem die Verbindungsstelle zur Bundesregierung für die internationale Zusammenarbeit und IOM-Projekte in der ganzen Welt in den Bereichen humanitäre Hilfe, Krisenprävention, Stabilisierung, Friedensförderung und Entwicklung.

Mit dem Global Migration Data Analysis Centre (GMDAC) in Berlin fördert die IOM ein besseres öffentliches Verständnis von Migration und trägt durch die Analyse von IOM-Daten und anderen Datenquellen zu einer evidenzbasierten Politikgestaltung bei.

Mehr als 180 Mitarbeitende mit 45 verschiedenen Nationalitäten arbeiten für die IOM in Berlin, Nürnberg, Rheinland-Pfalz und Bremerhaven.

Seit Januar 2021 leitet Jean-Philippe Chauzy IOM Deutschland.